世界重归安宁，魔法学院却未沉浸在胜利的喜悦中太久。三少深知，黑暗势力虽遭受重创，但根基未被完全铲除，隐匿暗处的残余力量仍可能卷土重来。为了彻底杜绝隐患，三少带着艾丽、小魔女和特别行动小组，踏上了全球追踪黑暗势力余党的漫长征程。
他们穿梭于各个神秘之地，从古老神秘的东方遗迹，到充满未知的西方魔法森林，每一处曾被黑暗力量侵蚀的角落都留下了他们的足迹。在东方遗迹，他们遭遇了一群精通暗黑咒术的神秘刺客，这些刺客隐匿于阴影之中，出手狠辣，咒术诡异。三少凭借混沌之力感知敌人方位，艾丽以光明魔法驱散黑暗迷雾，让刺客无所遁形，小魔女则用冰系魔法冻结刺客行动，最终成功将其制服。
在西方魔法森林，黑暗力量扭曲了森林中的动植物，使其成为守护黑暗秘密的邪恶卫士。巨大的树人挥舞着粗壮的枝干，有毒的藤蔓如蟒蛇般缠绕而来，奇异的魔花释放出致幻迷雾。三少等人相互配合，风系魔法吹散迷雾，土系魔法限制树人行动，再以光明魔法净化被污染的动植物，探寻到了黑暗势力在此处的秘密据点。据点中藏着一本记载着黑暗起源的古籍，三少如获至宝，认为其中定有彻底消灭黑暗的关键线索。
回到学院后，三少召集学院中最睿智的魔法师，一同研读古籍。经过多日钻研，他们发现黑暗力量源于世界诞生之初的混沌裂缝，每一次黑暗势力的崛起，都是裂缝的一次扩张。若要彻底封印黑暗，需找到传说中的“世界之心”，它蕴含着世界诞生时的纯净力量，能修补混沌裂缝。
根据古籍线索，“世界之心”位于世界尽头的无尽深渊底部，那里充斥着混乱的时空乱流和强大的黑暗漩涡。三少没有丝毫犹豫，带领伙伴们向着无尽深渊进发。当他们抵达深渊边缘，狂风呼啸，黑暗漩涡如狰狞巨兽，随时准备吞噬一切。三少率先跃入深渊，混沌之力在周身形成护盾，抵御着时空乱流的撕扯。艾丽和小魔女紧随其后，特别行动小组的学生们相互扶持，艰难下降。
在深渊底部，他们看到了散发着微光的“世界之心”，但周围环绕着强大的黑暗守护兽。守护兽形如巨龙，周身燃烧着黑色火焰，口中喷吐着黑暗气息，每一次挥动翅膀都能引发时空震荡。三少等人与之展开了一场惊心动魄的战斗。战斗中，一名学生不慎被黑暗气息击中，陷入昏迷。三少心急如焚，却更加坚定了拿到“世界之心”的决心。
三少施展出混沌灵耀破的终极形态，艾丽和小魔女全力辅助，众人的魔法力量汇聚在一起，终于击败了守护兽。三少成功拿到“世界之心”，纯净力量瞬间涌入他的身体，与他体内的混沌之力、光明圣石之力完美融合。三少带着“世界之心”来到混沌裂缝前，将融合后的力量注入其中。光芒闪耀间，混沌裂缝缓缓愈合，黑暗力量被彻底封印。
回到学院，三少将“世界之心”的力量融入学院的每一寸土地，魔法学院成为了守护世界和平的永恒堡垒。而三少和伙伴们的传奇故事，激励着一代又一代的魔法学子，他们传承着守护世界的信念，让光明永远照耀世间。