二战结束之后，战争的硝烟尚未散尽，世界已陷入核威慑与意识形态的角力场。时间来到1961年末，古巴导弹危机的阴影尚未席卷全球，美国便已悄然在西亚共和国心脏地带布下“木星”中程导弹系统。这个位于黑海咽喉、战略位置至关重要的国度，瞬间被推至冷战对峙的最前沿。
为摆脱战略被动，突破超级大国的技术封锁，西亚国在加速核武器秘密研发的工作同时，同时秘密启动了一个连内部高层都寥寥可知的项目——代号“新黎明”。
起因，诡异而荒谬。一次原本旨在测绘地质的科学考察队，从西部荒漠地区的“死亡谷”沙丘深处带回了一具畸形沙漠狐尸体。它的毛发脱落、关节异位、肌肉组织膨胀得几近爆裂，最不寻常的是它空洞的眼窝下残留着泛着微光的红色虹膜。
负责采样的，是西亚国国家科学院首席研究员卡洛维奇博士。他的团队在狐尸组织中分离出一种此前未被记录的RNA病毒，其基因链结构在显微镜下仿佛活物蠕动，具备极强的自我修复与重组能力。早期实验震惊了所有人。
实验显示，注射该病毒的恒河猴在四十八小时内肌纤维密度暴增百分之三百，爆发力与速度呈指数级提升，但随之而来的是神经元异常放电引发的狂暴化，最终因多器官衰竭而死亡。项目组将其命名V-12病原体。
收到报告的最高统帅部意识到其所蕴含的军事潜力，迅速下令在阿尔扎比荒漠三百米深的地下，建造一座配备四级生物防护系统的地下研究所用以病毒研究。
1962年10月，一场突如其来的暴雨席卷阿尔扎比地区，闪电击中变电站引发线路短路，实验室失去负压维持。V-12病毒以气溶胶形式通过地下裂隙与水脉泄漏到地表。毗邻的卡桑镇在五日内沦为死域，所有感染者瞳孔呈现独特的猩红色虹膜病变特征，尸体骨骼密度普遍增高，牙釉质生长异常。
尽管当局以沙鼠传播的猩红热为由实施焦土封锁，然而，一份《自由先锋报》泄露的匿名尸检报告引发国际震动：遇难者骨骼密度异常增加，并伴有瞳孔扩散、唾液分泌过剩等典型神经亢奋症状，在尸体变异部位提取样本中发现大量突变细胞团块，部分细胞仍在高代谢活动中“自我进化”。而后国际原子能机构强势介入，迫使西亚国承认该事故涉及未授权的生物武器研究，此次事件迫使当局永久封存了“新黎明计划”档案，并将实验室负责人卡洛维奇打入监牢。
数年后，风暴再起，西亚国国内宗教极端势力“新月盟“崛起之际，国家安全委员会组建了代号“科诺维恩“的黑色反恐部队。上尉潘恩作为精锐的“暗影小组“成员，在首次实战任务中深入西部荒漠——西部边陲地带的图兰村，这里发生了全村213人连带12名警员集体失踪的诡异事件。红外探测显示村庄地底存在巨型人工结构，热成像图谱中却无任何生命体征。
当战术小组突入村庄时，清真寺穹顶悬挂的铜制新月仍在风中摇晃，村中建筑完好却毫无生机，在村庄后方废弃铜矿深处，他们发现了采用液压伪装系统的升降井，升降井通向一个巨型地堡。
突击队的战术手电刺破地堡闸门的黑暗时，合金门框上凝结的有机黏液正缓缓滴落。布满精密科研设备与大型生物反应装置的核心实验区已人去楼空。内部呈现诡异撤离状态：文件粉碎机残留着“代谢加速剂-71A“药剂图纸，核心实验区的环形控制台上，全息投影还悬浮着未完成的基因序列图，而培养舱内残留的棕褐色粘液里漂浮着某种啮齿类动物的臼齿——尺寸是普通老鼠的二百倍，培养舱留有巨型野兽的抓痕。
小队在这里遭遇32名瞳孔猩红的“幸存者“，其体型异常狰狞，子弹贯穿躯干却无法阻滞其行动，最终小队仅能通过精准爆头终结这些非人的存在。在地堡最深处，这里被诡异的气氛笼罩，战术手电的光照亮了嵌满血管状肉块的合金墙壁，这里布满管道与空置培养舱，墙面的应急灯映出血渍拖行的轨迹。
随着一声诡异的闷响，一只如卡车般的啮齿生物挡住了他们的去路，同时，嘶哑的吼声从四面八方传来，村民与警察的面孔如今扭曲成嗜血的怪物，嘶吼声填满了整个空间。
在混战中，潘恩成了唯一突出重围的人，当他拖着被巨兽洞穿的右臂逃出升降井时，前来接应的直升机已经在上空盘旋，他被身穿防化服的营救人员抬上了直升机，意识涣散之际，他模糊听见无线电里提及“清理计划”和“感染样本”等字眼，他最后瞥见机舱壁的徽标，并非熟悉的军徽，而是一个尘封多年的双蛇标志…