晋康帝名叫司马岳，字世同，是晋成帝的同母弟弟。咸和元年被封为吴王，咸和二年改封为琅邪王；咸和九年被任命为散骑常侍，加授骠骑将军，咸康五年升任侍中、司徒。
咸康八年六月庚寅日，晋成帝生病，下诏让琅邪王司马岳作为皇位继承人。癸巳日，晋成帝驾崩。甲午日，司马岳即皇帝位，大赦天下。下令各屯驻戍守的文武官员以及二千石的官员，不得擅自离开自己的职守前来奔丧。己亥日，封晋成帝的儿子司马丕为琅邪王，司马奕为东海王。当时晋康帝在居丧期间不说话，将政事委托给庾冰、何充处理。
秋天七月丙辰日，将晋成帝安葬在兴平陵。晋康帝亲自在西阶祭奠，灵柩出发后，他步行到阊阖门，然后登上白色的车子，一直到陵墓所在地。己未日，任命中书令何充为骠骑将军。八月辛丑日，彭城王司马纮去世。任命江州刺史王允之为卫将军。九月，下诏琅邪国的官员以及王府属吏按不同等级晋升官位。冬天十月甲午日，卫将军王允之去世。十二月，给文武官员晋升两级。壬子日，册立褚氏为皇后。
建元元年春天正月，更改年号，赈济抚恤鳏寡孤独之人。三月，任命中书监庾冰为车骑将军。
夏天四月，益州刺史周抚、西阳太守曹据讨伐李寿，在江阳击败李寿的部将李恒。五月，发生旱灾。六月壬午日，又用束帛征召处士寻阳人翟汤、会稽人虞喜。有关部门上奏，晋成帝驾崩满一周年，请求晋康帝脱去素服，像往常一样进食。壬寅日，晋康帝下诏说：“礼仪的增减变化，会随着时代而变化，确实没有固定的标准。至于君主和父母在礼制上相互比照，这是名教的重要内容，是不能改变的。权宜之制的制定，大概出自近代，虽说适应当时的情况，实际上是礼义浅薄的开端。先王尊崇礼仪，后世尚且有所懈怠，更何况因循守旧，又进一步从轻降低礼仪标准，这在道义上是不可以的。”石季龙率领部众讨伐慕容皝，慕容皝将其大败。
秋天七月，石季龙的部将戴开率领部众前来投降。丁巳日，晋康帝下诏说：“慕容皝打败羯寇，据说敌人死亡八万多人，这或许是他们走向灭亡的开始。对于中原的事务，应该加以筹划考量。况且戴开已经率领部众归顺，应该加以慰问犒劳。派遣使者到安西将军、骠骑将军那里，商议各种军事事务。”任命辅国将军、琅邪内史桓温为前锋小督、假节，率领部众进入临淮，安西将军庾翼为征讨大都督，移师镇守襄阳。庚申日，晋陵、吴郡发生火灾。
八月，李寿去世，他的儿子李势继承伪位。石季龙派他的部将刘宁攻陷狄道。冬天十月辛巳日，任命车骑将军庾冰都督荆江司雍益梁六州诸军事、江州刺史，任命骠骑将军何充为中书监、都督扬豫二州诸军事、扬州刺史、录尚书事，辅佐朝政。任命琅邪内史桓温都督青徐兖三州诸军事、徐州刺史，褚裒为卫将军、领中书令。十一月己巳日，大赦天下。
十二月，石季龙侵犯张骏，张骏派他的将军谢艾抵御，双方在河西大战，石季龙战败。十二月，高句丽派使者前来朝贡。
建元二年春天正月，张骏派遣他的部将和驎、谢艾到于阗和讨伐南羌，将南羌大败。二月，慕容皝与鲜卑首领宇文归在昌黎交战，宇文归的部众大败，逃奔到漠北。四月，张骏的部将张瓘在三交城击败石季龙的部将王擢。
秋天八月丙子日，晋升安西将军庾翼为征西将军。庚辰日，持节、都督司雍梁三州诸军事、梁州刺史、平北将军、竟陵公桓宣去世。丁巳日，任命卫将军褚裒为特进、都督徐兖二州诸军事、兖州刺史，镇守金城。九月，巴东太守杨谦攻打李势，李势的部将申阳逃走，杨谦擒获李势的部将乐高。丙申日，立皇子司马聃为皇太子。戊戌日，晋康帝在式乾殿驾崩，年仅二十三岁，葬于崇平陵。
当初，晋成帝生病，中书令庾冰认为自己作为皇帝的舅氏在朝执政，权力与君主相当，担心改朝换代之后，外戚亲属关系会疏远，于是进言说国家面临强敌，应该拥立年长的君主，于是晋康帝被立为皇位继承人。制定制度和年号，想要复兴西晋的统治，因此改年号为建元。有人对庾冰说：“郭璞的谶语说‘立始之际丘山倾’，‘立’就是‘建’，‘始’就是‘元’，‘丘山’合起来就是您的名讳（冰）。”庾冰听后惊恐不已，不久叹息道：“如果真有吉凶之事，难道是更改年号所能挽救的吗？”到此时果然应验了。
史官评论说：叛逆之徒肆意暴虐，其恶行并非一朝一夕形成。如果能详察刑狱而不使百姓怨恨，那么百姓或许还会仰仗君主的仁德，由此也可以看出顺应与叛逆的关键所在。晋成帝凭借着国家削弱的基础，据守江淮之地，政令出自外戚（庾氏），威望与使四方归服的声威不符。凶徒肆意妄为之后，皇位面临危险，京城没有储备的粮食，宫室如同当年咸阳宫被焚烧一样化为灰烬。恶犬向贤君狂吠，奸佞之徒相继作乱，与后羿时期相比，又有哪次像这样严重呢？要使皇帝的车驾返回京城，如果没有晋文公那样的军队，要想使国家像系于苞桑一样稳固，只能依赖陶侃的力量了。古代诸侯臣服，不幸的是成为臣属之家，天子外出巡游时，诸侯就避开正宫面向北方迎接，这些记载在遗策中的做法，成为了固定的规范。晋显宗（晋成帝）在王导的门前，整理衣襟上前下拜，难道不是像鲁公接受玉时那样谦卑吗？晋成帝也能在自身做到节俭，或许能够激励纠正当时的不良风气。
赞语说：晋成帝早年就表现出一定的才能，有舅舅庾氏辅佐。却频繁地招致敌寇进犯，在军事行动方面缺乏才能。战火波及到皇宫，敌军围困皇帝的帷帐。皇帝前往石头城避难，海内之人都为之悲痛。晋康帝天性仁厚，居丧时礼仪繁琐。国家的典章制度刚刚兴起，然而他的寿命却为何如此短促。