时空修复之后，林晓满心以为生活终于能回归往昔的平静，自己也能重新投身纯粹的科研工作，可现实却远非如此。接下来的日子，一系列超乎寻常的诡异事件如潮水般接连不断地涌现。世界各地像是被一只无形的手操控，频繁出现小型的时空波动。这些波动看似微小，却有着巨大的破坏力，导致局部地区的时间秩序陷入一片混乱。在某些城市的街头，一些行人毫无征兆地突然消失，又在数小时甚至数天后离奇重现，可他们的记忆却变得支离破碎、混乱不堪，对失踪期间的经历要么完全遗忘，要么只残留一些光怪陆离、毫无逻辑的片段。
林晓和陈教授在密切关注这些异常现象的过程中，还敏锐地察觉到，有一个神秘组织正在暗处悄然行动。他们通过各种隐蔽的渠道，疯狂地收集与蝴蝶立方相关的信息，甚至不惜动用非法手段获取一些曾参与蝴蝶立方研究的人员的实验记录。经过一番艰苦的追踪和调查，林晓终于顺着线索找到了一个隐藏在地下深处的科研基地。
这个基地戒备森严，四周布满了先进的安保设备和隐藏的陷阱。林晓穿上了自行研发的隐形防护服，这是一种利用量子隐形技术制成的装备，能够有效躲避大部分监控设备的探测。她小心翼翼地潜入其中，发现里面摆满了各种先进却非法的科研设备，一群身着黑色制服的人正在紧张地忙碌着，他们似乎正在研究如何利用这些时空波动来获取巨大的能量，妄图再次激活蝴蝶立方，以达成不可告人的目的。
林晓在基地中与神秘组织的成员展开了一场惊心动魄的周旋。在一次偶然的机会中，她偷听到组织成员之间的对话，得知他们的首领曾经是霍夫曼的旧相识。这个人对蝴蝶立方的力量极度痴迷，多年来一直对霍夫曼利用蝴蝶立方获取力量的事情耿耿于怀，渴望复制霍夫曼的“成功”，妄图借助蝴蝶立方的力量掌控世界。
林晓深知事态的严重性，在接下来的行动中，她凭借着自己的智慧和敏捷的身手，巧妙地躲过敌人的巡逻，利用随身携带的干扰装置，破坏了基地的电力供应系统。趁着基地陷入一片黑暗和混乱之际，她迅速找到了他们的核心设备，这是一台巨大的能量转换装置，正源源不断地吸收着时空波动的能量。林晓拿出特制的反制武器，对核心设备展开攻击，经过一番激烈的对抗，终于成功破坏了它，暂时阻止了这个疯狂的阴谋。然而，从基地中遗留的一些线索来看，林晓明白，这仅仅只是冰山一角，更严峻的挑战或许还在后头。